Revisiting PCR.

I previously posted links to articles questioning the RT-PCR test. The socalled “corman-drosten” report which has been questioned by “link

Here is what a Danish Doctor has to say about that paper and withdrawal request:

I forhold til kritikken som jeg tidligere har postet af RT-PCR testen er der kommet et svar fra et par læger. De har følgende kritikpunkter og meninger.: (skrevet af Morten Krogh Herlin)

Credentials: https://pure.au.dk/…/morten-krogh-herlin(22d9393f-f9c2…

Dette er en kopi fra en “privat gruppe”eg skal gøre mit bedste (det bliver lidt langt). Der er nok at tage fat på, og jeg kan ikke gennemgå det hele (rapporten er 29 sider).

Der er passager, som vedrører tekniske detaljer i analysesetup (temperatur, primerkoncentration), som du må spørge en molekylærbiolog om – det er uden for vores kompetencer 📷

Først og fremmest skal man forstå den kritiske artikel og den artikel der kritiseres i sin rette kontekst.Artiklen der bliver kritiseret er denne: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/…/pdf/eurosurv-25-3-5.pdf…

Det er en artikel forfattet af en række anerkendte forskere fra flere europæiske lande og publiceret i Eurosurveillance (ECDC’s officielle videnskabelige tidsskrift) i januar måned 2020.
Hovedforfatterne er virologer fra et universitetslaboratorium i Berlin.

Artiklen udkommer på et tidspunkt, hvor smitten endnu ikke er nået til Europa, men hvor man skulle forberede europæiske laboratorier på den smitte, som man med god grund frygtede ville komme hertil. Derfor præsenterer de et design og workflow til at etablere testen i laboratorierne på et tidspunkt, hvor virus endnu ikke er til rådighed for laboratorierne.

Artiklen er ikke “grundlaget for selve PCR-testen” som nogle fejlagtigt gengiver den som. Men det var en konkret anbefaling i forhold til etablering af test i en tid, hvor virus endnu ikke var nået hertil.At man anvender RT-PCR test til detektion af SARS-CoV-2 er ikke spor odiøst.

Det var næsten givet på forhånd, at det var denne metode, man ville tage i brug, da RT-PCR de seneste to årtier har været den foretrukne metode til diagnostik af virusinfektioner overalt i verden. Tjek blot analysefortegnelse hos SSI for detektion af influenza, HIV, adenovirus, norovirus osv. osv. Alle disse påvises med RT-PCR.

Pudsigt nok har der aldrig før været så voldsom kritik af RT-PCR som metode. Jeg tror det er fordi vi står i en epidemi, som forståeligt nok giver anledning til frustrationer, politisk uenighed og på den baggrund også opstand og kritik mod diverse sundhedsvidenskabelige aspekter, fx testmetoden. Det er derfor at spørgsmål som disse egner sig bedst til videnskabelig diskussion.

Kritikerne af artiklen kommer med en række kritikpunkter. Det er dels kritikpunkter af selve artiklen. Kan nogle af disse være berettiget? Ja, det kan de meget vel være, da det er meget svært at udarbejde det “perfekte studie” i en tid, hvor virus endnu ikke er her og man forbereder sig på epidemien. Metoden på det tidspunkt var derfor af gode grunde ikke særlig grundigt valideret (det er den så i den grad blevet efterfølgende. Fx er ca. hver syvende prøve med virus blevet helgenomsekventeret og i tilfælde af at der skulle være særlige problemer med testen, ville det afsløre sig i disse sekventeringer)

Jeg tager et par af kritikpunkterne nedenfor.

Men de går længere end de konkrete kritikpunkter og bruger deres kritik af artiklen, som springbræt for en generel kritik af RT-PCR som diagnostisk metode (“which has led to worldwide misdiagnosis of infections attributed to SARS-CoV-2” og i konklusionen “which render the SARS-CoV-2 PCR test useless.” og “unsuitable as a specific diagnostic tool to identify the SARS-CoV-2 virus”), og det er her hvor de efter min mening går galt i byen.

Det har de nemlig slet ikke dokumentation for at postulere og det ville i så fald også være en kritik af to årtiers brug af metoden til nær sagt alle virusinfektioner. Hvis man skal tage det som en generel kritik af RT-PCR, så er de nødt til at komme med noget mere så at sige.Tag fx titlen på artiklen: External peer review of the RTPCR test to detect SARS-CoV-2.

De har ikke skrevet et external peer review af RT PCR testen.

De har skrevet en kritik af en artikel, der blev referencedokument for etablering af test i starten af epidemien. Det er noget andet i mine øjne.I øvrigt så er hele begrebet RT-PCR testen et bredere begreb end blot denne ene artikel og omfatter mange forskellige test-kits som kan variere laboratorier i mellem. Fx er der danske laboratorier, der anvender primers mod ORF1 genet i SARS-CoV-2 virus.

Det er slet ikke omfattet af det test-design, som præsenteres i den kritiserede artikel.Og endeligt, så præsenteres kritikken sammen med en betydelig politisk indignation. “We are confronted with stringent lockdowns which have destroyed many people’s lives and livelihoods, limited access to education and these imposed restrictions by governments around the world are a direct attack on people’s basic rights and their personal freedoms, resulting in collateral damage for entire economies on a global scale.”

Det skal selvfølgelig stå dem frit for at mene det, men det er meget usædvanligt at videnskabsfolk formulerer sig og argumenterer på den måde i en videnskabelig diskussion. Kan derfor ikke lade være med tænke at deres kritik ikke blot er udtryk for bekymringen omkring den videnskabelige kvalitet af RT-PCR testen, men også bunder i en mere politisk skepsis omkring hele epidemien (mere om dette til sidst).

2/2

Til (nogle af) kritikpunkterne:

3. Virus kan ikke skelne ml. hele viruspartikler og virus RNA. Sandt, da testen bygger på påvisning af arvemateriale ligesom RT-PCR diagnostik af alle andre virusinfektioner. Men de har ikke dokumentation for at det er et reelt problem og at alle påviste smittetilfælde i så fald skulle være falsk positive – det forestiller de sig bare at det er.

6. PCR produktet er ikke valideret. Jeg forstår ikke relevansen i dette, når en række positive prøver ( = amplificeret PCR produkt) efterfølgende er genomsekventeret med påvisning af hele sekvensen fra SARS-CoV-

2.7. Fravær af positiv kontrol. Igen, artiklen var en forberedelse til en epidemi på vej og man havde derfor ikke virus RNA. Testen designer de med baggrund i referencegenomet fra Wuhan, som kinesiske myndigheder offentliggjorde https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1798174254. Alle RT-PCR kørsler kører i dag med positiv kontrol, som man i øvrigt altid gør.

9. Manglende/utilstrækkelig peer-review. Jeg kan være enig i, at det kan være svært med grundig peer-review på så kort tid. Jeg kan ikke vide hvad redaktionen ved Eurosurveillance har tænkt på daværende tidspunkt. Måske at det var strengt nødvendig med hurtig publikation, så laboratorierne kunne komme i gang med deres forberedelser.I øvrigt har kritikernes artikel ikke selv været igennem peer-review og meget af den information forfatterne i øvrigt deler på twitter er heller ikke peer-reviewet. Så det er tilsyneladende ikke altid afgørende for kritikerne at dette krav er opfyldt.

Der er i øvrigt flere eksempler på forhastet peer review under epidemien, fx Didier Raoults første rapporter om hydroxychloroqin som skabte en stor hype omkring dets påståede effekt.Det er vigtigt at tidsskrifterne er åbne herom, hvis de finder det nødvendigt speede op.(I øvrigt fejlciterer de en undersøgelse omkring at 97% af alle prøver, når man anvender CT cut-off >35 er falsk positive. De glemmer forskellen på CT for den enkelte prøve og så det CT cut-off, hvor man kan konkludere at testen er negativ.https://academic.oup.com/…/10.1093/cid/ciaa1491/5912603mere herom i dette svar: https://www.facebook.com/groups/1319342428265022/permalink/1544469102419019)Til sidst kan vi også lige vende forfattergruppen. I alt har 15 af 21 forfattere bag kritikken blot bidraget med at godkende analyser og artiklen. Det er ikke nok bidrag til at opfylde Vancouver kriterierne for videnskabelige forfatterskaber. Jeg kan ikke vide hvad deres baggrund er for at være med på artiklen andet end at de måske deler det kritiske syn på testen/pandemien.Blandt forfatterne er en del velkendte navne, som ofte går igen i den kritiske debat vedr. pandemien. Fx Thomas Binder, som er hjertespecialist. Jeg har svært ved at se hvilken forudsætning han skulle have for at kloge sig i PCR?Men man kan ikke være i tvivl om at han er kritisk omkring hele pandemien (ja han fornægter tilsyneladende dens eksistens). Vedhæftet nedenfor er et hans nylige tweets. Det er svært at tage en kritik af en videnskabelig artikel særligt alvorligt, når en af forfatterne bag kritikken selv sætter barren så lavt.Et andet navn er Michael Yeadon. Han har blandt andet tidligere udtalt udokumenterede påstande om at epidemien skulle være ovre i England og at vaccinen skulle forårsage infertilitet. I så fald skulle han både være epidemiolog, immunolog og nu molekylærgenetiker, hvis han skulle have en særlig ekspertviden som baggrund for sine udtalelser.Hovedforfatteren Pieter Borger er molekylærgenetiker og har relevant baggrund for at udtale sig om PCR. Men på sin twitter er hans særdeles aktiv med diverse kritiske posts om epidemien generelt.Jeg kan ikke lade være med at tænke om deres kritik i nogen grad må være politisk motiveret. Bevares, de må selvfølgelig mene hvad de vil, men det bliver ofte forplumret, når det blandes sammen med videnskabelige spørgsmål. Og her er det særligt vigtigt, som du selv fint påpeger, at have øje for confirmation bias.Og generelt tænker jeg det er usandsynligt en enkelt forfattergruppe med vidt forskellige fagområder, skulle besidde et særlig kendskab til PCR testen, som resten af den etablerede videnskab ikke har.Mvh. Morten, læge



Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s